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Nos microbes intestinaux sont des mangeurs plus difficiles que nous le pensions

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microbes intestinaux  Nos microbes intestinaux sont des mangeurs plus difficiles que nous le pensions Gut Microbes
(Crédit: POLIGOONE / Shutterstock)

Je ne sais pas qui a dit “tu es ce que tu manges, "Mais cela n’a vraiment aucun sens. Je suis objectivement ne pas fait de beurre de cacahuète et de café, bien que je sois certain que ce serait mon destin si le sentiment était vrai. Cela dit, l’idée générale – que ce que nous mangeons est important – semble peser de plus en plus lourd au fur et à mesure que les études de notre régime s’accumulent. Maintenant, les chercheurs disent que la question de savoir quoi manger doit faire l’objet d’une autre réflexion, enracinée dans la complexité du microbiome.

Dans une étude récente en Cell Host & Microbiome, Une équipe de recherche dirigée par Abigail Johnson et Dan Knights de l’Université du Minnesota a cherché à déterminer si elle pouvait lier des aliments spécifiques à des microbes intestinaux spécifiques, les diverses bactéries qui vivent dans vos intestins et vous aident à digérer vos aliments. Ils ont trouvé de nombreuses associations entre les deux et, à la fin de l’étude, ils pouvaient prédire quelles espèces de bactéries augmenteraient ou diminueraient après qu’une personne ait mangé un aliment donné.

Cependant, les bactéries associées à un aliment donné étaient totalement différentes d’une personne à l’autre, même pour les mêmes aliments. Et même pour les mêmes microbes. Ils ne pouvaient pas prédire la réponse intestinale d’une personne sur la base des données d’une autre personne.

Utilisation du fusil de chasse fécal

Pendant 17 jours, les chercheurs ont collecté des données sur chaque aliment consommé par leurs sujets et pris un instantané quotidien de leur microbiome intestinal. Ils ont utilisé une technique de séquençage de l’ADN appelée métagénomique des armes à feu, qui est un moyen extrêmement efficace d’identifier un groupe d’espèces de bactéries dans un échantillon comme celui-ci.

Knights a estimé qu’il fallait environ 30 minutes par jour aux participants pour consigner soigneusement tous leurs aliments, ce qui constituait une étude exigeante. «C’est beaucoup de travail. Nous avons dû faire appel à des bénévoles vraiment dévoués », dit-il.

On aurait pu penser que c’était une autre partie de l’étude qui prenait le vrai dévouement. Les participants devaient collecter des échantillons de leurs selles tous les jours. Mais c’était apparemment une tâche relativement simple, dit Knights, car «nous n’avons besoin que d’une quantité infime pour mesurer le microbiome».

Quoi qu’il en soit, ils ont séquencé ces échantillons quotidiens du 34
participants de créer ce qu’ils ont appelé un métagénome de fusil de chasse fécal – c’est le
instantané des microbes intestinaux.

"Nous savions que le microbiome est très important pour l’homme.
santé », déclare Knights, professeur au département des sciences informatiques et de l’ingénierie
et l’institut de biotechnologie. «Et nous voulions vraiment mieux comprendre
de la façon dont les aliments que nous mangeons modifient nos microbiomes d’un jour à l’autre. "

Tripes individuelles, réponses individuelles

Les chercheurs ont d’abord cherché à établir des liens entre les types de bactéries présentes et les nutriments contenus dans les aliments. Pensez: ce qui est sur les étiquettes nutritionnelles. Ils voulaient savoir si les microbes étaient sensibles aux graisses, aux glucides et aux fibres. Mais ils ne l’ont pas fait.

Ensuite, ils se sont demandé si chaque aliment aurait un effet. Mais les gens ont mangé beaucoup trop d’aliments différents pour que les données montrent de vrais liens. Ils ont donc établi la relation entre tous les aliments. Par exemple, les épinards ressemblent beaucoup plus au chou frisé qu’à un beignet. Cela leur a permis de voir si des aliments similaires avaient des effets similaires.

Et ils l’ont certainement fait. Si un aliment provoquait une certaine réaction bactérienne dans l’intestin, cette réaction risquait de se reproduire à l’avenir. En d’autres termes, ce sont les aliments eux-mêmes, et non les nutriments qu’ils contiennent, qui déterminent la réaction des microbes intestinaux.

«Les aliments importent, et les aliments que nous choisissons contiennent beaucoup de choses… que vous ne voyez pas sur l’étiquette nutritionnelle», déclare Knights. "Il y a toute cette matière noire dans la nourriture qui préoccupe les microbes."

Un exemple en est la fibre, dit Knights. La «fibre» n’est pas un composé unique, mais de nombreuses choses différentes qui ont le même effet fibre-y sur votre digestion. Ainsi, bien qu’une étiquette nutritionnelle puisse indiquer «quatre grammes de fibres», il s’agit peut-être d’un composé différent selon qu’il s’agit d’une poignée de bleuets ou d’une tranche de pain. Pour un être humain, cela n’a pas d’importance – mais pour une bactérie qui ne mange que le composé de fibres de bleuet, cela pourrait faire toute la différence.

Apprendre quels aliments affectent quelles bactéries et de quelles manières est la première étape vers la compréhension de la santé intestinale – et de la façon dont elle affecte le reste du corps – de manière plus générale.

«Tout le monde a son propre écosystème, qui est très important pour leur santé, et que nous pouvons changer», dit Knights. "Et nous commençons tout juste à comprendre à quel point c’est complexe."

Stabilité dans la diversité

Les chercheurs ont également découvert que le fait de manger encore et encore les mêmes aliments n’a pas conduit à un microbiome intestinal plus stable. En fait, ils ont trouvé le contraire. Les personnes ayant les régimes les plus variés avaient les microbes intestinaux les plus stables.

Mais la conclusion la plus intriguante est peut-être que les réactions de microbes intestinaux spécifiques étaient souvent différentes d’une personne à l’autre. Les données sur les intestins alimentaires d’une personne ne peuvent pas être utilisées pour prédire la réponse d’une autre personne aux mêmes aliments.

Cela pourrait être pour un certain nombre de raisons, dit Knights, mais
plus de recherches sont nécessaires pour vraiment résoudre ce problème. En bref, il semble que les gens
bactéries intestinales sont si complexes qu’il est difficile de prédire comment un type de bactérie
répondra à un type de nourriture car il ne se produit jamais dans le vide – ils ont
toutes les autres bactéries intestinales et tous les autres aliments à traiter.

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